حجت الاسلام والمسلمین محمدسروش محلاتی در یادداشتی که انتخاب از وی منتشر کرده، نوشت:
دو ماه بیشتر از پیروزی انقلاب نگذشته بود که استاد مطهری را شهید کردند. در واقع ایشان تنها دوماه از جمهوری اسلامی را درک کرد. ما آن زمان طلبه جوانی بودیم. آقای مطهری میفرمودند ما یک نظامی درست میکنیم مثل نظام منصور دوانیقی که آزادی میداد چون آن حکومت که در اختیار حضرات معصومین نبود. مرحوم مطهری میفرمودند که ببینید دوران منصور و مأمون چطور بوده، تشکیل جلسه میداد، همه ملحدان و پیروان مذاهب دیگر را امنیت میداد و آزادانه میآمدند مقابل حضرت رضا مینشستند و کفریاتشان را میگفتند و حضرت، تک تک آنها را جواب میداد. ما چنین حکومتی درست میکنیم که از حکومت آنها چیزی که کم ندارد بالاتر هم باشد.
در صفحه 128 از جلد 24 مجموعه آثار شهید مطهری آمده است "همانطور که میدانید در حکومت اسلامی احزاب آزادند، هر حزبی اگر عقیده غیراسلامی هم دارد در ابراز عقیده خودش آزاد است. فکرش آزاد است. هر چه دلش میخواهد بگوید. ما فقط اجازه توطئهگری و فریبکاری نمیدهیم." خود شهید مطهری در ادامه توطئه را معنا میکند و می گوید: «در حدی که فکر و سلیقه خودشان را صریحا میگویند و با منطق ما در حال جنگ هستند، ما آنها را میپذیریم؛ اما اگر بخواهند در زیر لوای اسلام و مذاهب اسلام، افکار و عقاید خودشان را بگویند ما حق داریم از اسلام خودمان دفاع کنیم که اسلام این را نمیگوید. اگر کافر یا مارکسیست هستید به اسلام نسبت ندهید. شما در کجای تاریخ عالم دیدهاید که در حکومتی که لااقل به ظاهر خیلی از قسمتهایش مذهبی بوده و همه مردم احساسات مذهبی داشتهاند، به غیرمذهبیها آن اندازه آزادی بدهند که بیایند در مسجد پیامبر و مسجدالحرام بنشینند و آزادانه اصول دین را انکار کنند. فردی برود در مسجد مدینه بنشیند خدا را انکار کند؛ ولی در تاریخ اسلام ما اینها را میبینیم. به دلیل همین آزادیها بود که اسلام توانست باقی بماند. اگر در صدر اسلام تا کسی میآمد در مدینه و میگفت من خدا را قبول ندارم، میگفتند بزنید، بکشید، امروز اسلامی وجود نداشت. اسلام به این دلیل باقی مانده که با شجاعت و صراحت با افکار مختلف مواجه شده است.
گروههای مختلف مسیحی، یهودی، مجوس و زرتشتی را مأمون در یک تالار بزرگ جمع میکرد و میگفت هر کسی آزاد است عقیده خودش را بیان کند. در کتابها ببینید اینها چگونه عقاید خود را میگفتند حتی تعابیر اهانتآمیز به پیامبر و اسلام دارند و حضرت رضا خودشان در آنجا شرکت میکردند. در مجلسی که حضرت رضا شرکت کردهاند، ببینید مسیحی، یهودی به حضرت رضا چه میگوید، مادی چه میگوید. ضبط شده، حرفهایشان را میگفتند. اینطور بوده که اسلام باقی مانده است. در آینده هم اسلام فقط و فقط با مواجهه صریح و شجاعانه با عقاید و افکار مختلف و متناقض با اسلام میتواند به حیات خود ادامه دهد.»
شهید مطهری حتی میفرماید: «من به جوانان و طرفداران اسلام هشدار میدهم که یک وقت خیال نکنند، حفظ و نگهداری اسلام با سلب آزادی بیان تحقق مییابد. خیال نکنند که راه حفظ معتقدات اسلامی و جهان بینی اسلامی این است که نگذاریم دیگران حرفهایشان را بزنند، نه بگذارید بزنند. همچنین تصور نشود که با جلوگیری از ابراز افکار و عقاید مردم، میشود از اسلام پاسداری کرد. از اسلام فقط با یک نیرو میشود پاسداری کرد، و آن منطق و آزادی دادن و مواجهه صریح و رک و روشن با افکار مخالف است».
در صفحه 400 جلد 24 از مجموعه آثار شهید مطهری هست که «من اصلا از اینکه افرادی بیایند علیه اسلام سخنرانی کنند ناراحت نیستم. من مکررا در نوشتههای خودم گفتهام که هرگز از پیدایش افراد شکاک در اجتماع که علیه اسلام سخنرانی کنند و مقاله بنویسند، نه تنها متأثر نمیشوم بلکه از یک نظر خوشحال هم میشوم چون میدانم پیدایش اینها سبب میشود که چهره اسلام بیشتر نمایان شود». بعد میگویند اگر نگرانی باشد نگرانی این است که علمای دین آمادگی مواجهه و پاسخگویی نداشته باشند.