در وصیت‌نامه خود نوشته‌ام که پس از آنکه من از دنیا رفتم تمام دفاتر شهرستان‌ها تعطیل و مهرها را بشکنند و دفاتر شهرستان‌ها زیر نظر مدیریت حوزه فروخته و تبدیل به مدرسه علمیه شود تا طلاب در آن تحصیل کنند
آیة الله العظمي مکارم شیرازی در آغاز درس خارج فقه خود در مسجد اعظم در جمع طلاب و فضلای حوزه علمیه قم فرمودند: من به عنوان خیرخواهی برای حوزه علمیه قم و مرجعیت شیعی و برای آبروی شیعه احساس مسؤولیت کردم تا مطلبی را با شما طلاب در میان بگذارم.
ایشان ادامه دادند: براساس سنت سلف گذشتگان، بزرگان و مرجعیت شیعه، سنت بر این بوده پس از درگذشت مرجعی، تمام برنامه‌های مرجعیت در دفاتر این مرجع تعطیل می‌شد و مهرها را می‌شکستند و این روش را بزرگانی همچون مرحوم آیة الله حکیم و آیة الله بروجردی انجام دادند ما نیز باید بر همین سنت عمل نماییم.
در وصیت‌نامه خود نوشته‌ام که پس از آنکه من از دنیا رفتم تمام دفاتر شهرستان‌ها تعطیل و مهرها را بشکنند و دفاتر شهرستان‌ها زیر نظر مدیریت حوزه فروخته و تبدیل به مدرسه علمیه شود تا طلاب در آن تحصیل کنند و وجوهات را در اسرع وقت به طلاب بدهند و تنها دفتر قم را برای نشر آثار و کتب نگهد‌ارند و کارهای مرجعیت در دفتر قم تعطیل شود. مراجع پیشین نیز همین روش را عمل می کردند و کارهای مرجعیت بعد از آن بزرگواران تعطیل می‌شد و اگر این کار در حال حاضر صورت گیرد به نفع همه است؛ اگر بخواهند برنامه‌ها را ادامه دهند، هم وهن برای آن بزرگواران و هم وهن برای بازماندگان، و جامعه اسلام و مرجعیت خواهد بود، بهتر است سنت سلف صالح در میان ما اجرا و ما همان روش گذشتگان را ادامه دهیم .
آیة الله العظمي مکارم شیرازی تاکید کردند: اگر دفاتر مرجعیت پس از رحلت آنها برقرار باشد و این روش در حوزه سنتی شود، مرجعیت شیعی در آینده گرفتار مشکلات خواهد شد.
ایشان در بخش دیگری از سخنان خود درباره مسائل اخلاقی با اشاره به روایت از پیغمبر اکرم (صلی الله علیه و آله) در خصوص قهر کردن دو برادر مسلمان فرمودند:
پیامبر اکرم(صلی الله علیه و آله) می‌فرمایند: اگر دو مسلمان از هم قهر کنند و تا سه روز صبر نمایند و صلح نکنند از اسلام خارج شده‌اند و ولایت اسلامی از میان آنها قهر می کند و اگر خواستند آشتی کنند آن کسی که پیشگام در آشتی شود روز قیامت پیشگام در ورود به بهشت خواهد شد.
طبق روایات شیطان زمانی که دو مسلمان قهر کند بسیار خوشحال می‌شود و زمانی که آشتی کنند بندبند وجودش از هم جدا می‌شود. باید کاری کنیم که بی‌مهری‌ها به محبت و دشمنی‌ها تبدیل به دوستی شود و مسلمانان قهر کردن از هم را کنار بزنند.
متاسفانه در میان بعضی کشورهای اسلامی محبت، مودت و آشتی وجود ندارد، به همین دلیل دشمنان سوء استفاده می‌کنند و دائما در تلاشند مسلمانان را به جان هم بیندازند.
ایشان یادآور شدند: امیدورایم خداوند به مسلمانان کشورهای اسلامی عقل، درایت ، ایمان و تقوایی بدهد تا دست از سم‌پاشی بر ضد شیعیان جهان بردارند و شیعه را به عنوان جمعیت نیرومند خیرخواه و مجاهد اسلام بپذیرند و دست دوستی به هم دهند و دشمنان‌شان را بشناسند تا رفتار آنها سبب شود آینده بهتری برای مسلمانان جهان رقم بخورد.
